1998 erfolgte ein Wechsel an der Institutsspitze. Auf den langjährigen Präsidenten, Prof. Dr. Hermann Schmidt, folgte sein bisheriger Stellvertreter, Prof. Dr. Helmut Pütz. Zum Stellvertreter und Leiter des Forschungsbereichs wurde der aus dem BMBF kommende Walter Brosi ernannt. Im Jahr 1999 erfolgte dann der Umzug des BIBB von Berlin nach Bonn.